Лидер ставропольской «Родины», а впоследствии «Справедливой России» Дмитрий Кузьмин, несмотря на попытки снять его с дистанции за 6 дней до выборов, победил 21 сентября 2003 на выборах мэра Ставрополя кандидата «Единой России» Михаила Кузьмина. Единоросы сначала пытались отменить результаты выборов, а через год – отстранить Дмитрия Кузьмина от должности. В марте 2007 «СР» во главе с Кузьминым набрала 38%, а ЕР – лишь 24%, а из 25 одномандатников 17 вошли во фракцию «СР» и только 6 – во фракцию «ЕР».
Это было первое и единственное за всю историю «Единой России» поражение на выборах в региональные парламенты одновременно и по партспискам, и по округам. Кузьмин категорически отказывался переходить в «Единую Россию». Тогда 26 ноября 2007 мэр вычеркнут судом из списка «СР» (формально – по иску Аграрной партии, фактически же «представителями аграриев» в Верховном суде выступали юристы Владислава Суркова), а СКП возбудило абсурдное уголовное дело.
28 ноября замначальника ГУ МВД по ЮФО Сергей Солодовников заявил, что «в кабинете мэра Дмитрия Кузьмина обнаружен флаг с фашистской свастикой и награды фашистской Германии» («сравнения» Кузьмина с Гитлером были в единоросских чернопиаровских газетах еще в начале 2007 года): генерал МВД призвал жителей в связи с этим «сделать выводы на выборах» (!). 30 ноября временно отстранен от должности мэра (окончательно – в мае 2008). 6 декабря 2007 объявлен во всероссийский, а потом и в международный розыск. Летом 2008 арестован в Австрии по запросу Генпрокуратуры РФ, но в январе 2010 года австрийские власти, изучив все подробности дела, сделали вывод, что дело – политическое, и отказали РФ в выдаче Кузьмина. В июле 2009 единороссы отменили выборы мэра Ставрополя и ввели «сити-менеджера» с мая 2011.
В марте 2004 в Томске победил беспартийный мэр Александр Макаров (31%), в 1,5 раза опередивший единороса Владимира Резникова (21%), несмотря на то, что в пользу последнего сняли кандидатуры четверо других единороссов. В октябре 2005 на выборах в гордуму Томска победила Партия пенсионеров (19,4%), «Единая Россия» набрала лишь 17,9%, прошли также КПРФ (9,9%), «СПС+Яблоко» (8,6%) и ЛДПР (7,8%).
Это был единственный ... случай, когда «ЕР» не смогла занять 1-е место по партспискам: Владислав Сурков счёл такие результаты «катастрофическими» и потребовал «разобраться» с мэром. В конце октября 2006 мэр под угрозой ареста вступил в «ЕР», но через месяц всё равно арестован сразу по двум статьям УК и в тот же день исключен из «ЕР», еще через 3 недели в отсутствие мэра в его квартире еще и «нашли» наркотики (это обвинение рассыпалось даже в живодёрском суде, давшем мэру 12 лет), в итоге мэр стал обвиняемым по 9 (!) статьям УК, из которых до итогового приговора «дожили» только 4-е статьи.
Несмотря на 63-летний возраст и ухудшение здоровья, мэр провёл в СИЗО 2,5 года. Временно отстранен от должности еще 11 декабря 2006, окончательного отстранения «правосудию» добиться так и не удалось: формально Макаров занимал пост мэра положенные 5 лет, хотя в реальности половину из них находился в СИЗО. В марте 2009 прошли новые выборы (на которых единорос благодаря откровенной фальсификации опередил эсера на 4%), а Европейский суд по правам человека признал арест Макарова незаконным.
В апреле 2009 Макаров освобожден из-под стражи. 27 марта 2010 Макаров поучаствовал в митинге объединенной оппозиции (КПРФ, «Солидарности», ОГФ, «Яблока») с требованиями отставки Путина, губернатора и мэра-единоросса, а 31 марта – в пресс-конференции коалиции «Мой город», созданной с целью «разрушить монополию «Единой России» на выборах в гордуму». Сразу после этих оппозиционных выступлений 14 апреля 2010 Макаров вновь арестован, а в ноябре 2010 осужден к 12 годам колонии строгого режима, «возмещению» 60 млн «ущерба» и штрафу на 1 млн, что оказалось самым жестоким приговором в отношении российских мэров (вынесенным именно в разгар «оттепели» Дмитрия Медведева!).
Когда выяснилось, что в тюрьме у 65-летнего Макарова перестали функционировать обе руки, а глаза нуждаются в срочной операции (которая была проведена), в октябре 2011 «правовое государство» Д. Медведева проявило чудеса «либерализма» и сократило Макарову срок ... на целых 4 месяца! В начале мая 2009 (через месяц после того, как Макаров юридически перестал быть мэром) единоросс-спикер гордумы Александр Чуприн заявил, что с 2014 года в Томске будут ликвидированы выборы и введен сити-менеджер.